Origine du Covid-19 : Le pangolin est innocent (mais pas tout blanc), selon une étude du CNRSSportuneBébés et MamansMinutes Maison

Près de cinq ans après le débarquement , la communauté scientifique internationale n’est pas encore parvenue à déterminer avec certitude son origine. Si, a priori, les premiers cas ont été détectés fin 2019 à Wuhan (), deux théories s’affrontent : fuite d’un laboratoire de la ville où des virus proches étaient étudiés, ou animal intermédiaire ayant infecté les personnes qui fréquentaient un marché local. Cette dernière piste est privilégiée par la communauté scientifique.

Montrer du doigt, , et pourtant. Au début de l’épidémie, le pangolin n’était pas présent au marché, explique à Florence Débarre, chercheuse au et coautrice d’une étude sur les origines du Covid publiée jeudi dans . Serait-il pour autant complètement étranger à cette épidémie ? Pas forcément, assure la chercheuse. « Des virus similaires au SARS-CoV-2 ont été détectés chez le pangolin à plusieurs reprises. Il est donc envisageable qu’à un moment ou à un autre, dans la longue chaîne d’événements, celui-ci ait été un hôte. Mais comme la chauve-souris, il est peu probable qu’il ait directement infecté l’Homme. »

Aujourd’hui, une nouvelle liste de suspects potentiels vient d’être établie. Les soupçons pèsent sur la civette, le rat des bambous, le porc-épic et ou « racoon dog » selon l’étude. Ce dernier, sorte de mélange entre un raton laveur, un chien et un renard, est désormais présenté comme le principal suspect. « Le chien viverrin est une espèce pour laquelle il a été démontré expérimentalement qu’elle peut non seulement être infectée et avoir leur version du Covid, mais en plus le transmettre. Cela en fait un suspect important », explique Florence Débarre.

L’étude, importante dans le monde scientifique, apporte de nouveaux éléments renforçant l’hypothèse d’une transmission aux humains par des animaux infectés introduits sur un marché de Wuhan. Elle repose sur l’analyse de plus de 800 échantillons collectés dans ce marché où étaient vendues différentes espèces . Recueillis en janvier 2020, après la fermeture du marché, ils ont été prélevés sur des surfaces, dans divers stands, y compris ceux vendant des animaux sauvages, et dans les égouts.

Avec ce type de données, mises à la disposition des chercheurs par des scientifiques chinois, « on ne peut pas dire avec certitude si les animaux (présents sur le marché) étaient infectés ou non », prévient Florence Débarre. Mais, « notre étude permet de confirmer fin 2019 des animaux sauvages appartenant notamment à des espèces comme les chiens viverrins ou les civettes. Et que ces animaux étaient présents dans le coin sud-ouest du marché, qui se trouve aussi être une zone dans laquelle beaucoup de virus SARS-CoV-2, responsable du Covid-19, ont été détectés », explique-t-elle. La présence au marché de ces espèces, identifiées comme de probables hôtes intermédiaires du virus entre la chauve-souris et l’homme, a été contestée et on ne disposait jusqu’à présent que de preuves photographiques et des résultats d’une étude décrivant les animaux vendus à Wuhan.

Le marché comme point de départ

Dans le cadre de l’étude, « des chariots d’animaux, une cage, un chariot à ordures et une machine à enlever les poils et plumes provenant d’un stand de faune sauvage » ont été testés positifs au SARS-CoV-2 et il y avait dans ces échantillons « plus d’ d’espèces de mammifères sauvages qu’humain ». De l’ADN issu de faune sauvage a été retrouvé dans les échantillons positifs provenant de ce stand, y compris d’espèces comme les civettes, les rats des bambous et les chiens viverrins. « Ces données indiquent soit que présents sur cet étal ont libéré le SARS-CoV-2 détecté sur le matériel pour animaux, soit que des cas humains précoces non signalés de Covid-19 ont émis le virus au même endroit exact que les animaux détectés », expliquent les auteurs de l’étude.

Un autre élément pointe vers le marché comme point de départ de la propagation du virus. L’étude établit que « l’ancêtre commun le plus récent (MRCA) » de SARS-CoV-2 trouvé dans les échantillons du marché, c’est-à-dire la souche originelle, est « génétiquement identique » au MRCA de la pandémie . « Cela signifie que la diversité précoce du virus se retrouve au marché, comme ce qu’on s’attend à voir si celui-ci est le lieu de l’émergence », explique la chercheuse.

Cette nouvelle étude « fournit des preuves très solides montrant que les étals de faune sauvage du marché […] étaient un foyer d’émergence de la pandémie de Covid-19 », salue James Wood, épidémiologiste à l’Université de Cambridge, auprès de l’organisme . « Ce travail est important », estime-t-il, car malgré les efforts « à l’échelle mondiale pour renforcer la biosécurité en laboratoire […], peu ou rien n’a été fait pour limiter le commerce des animaux sauvages vivants, la perte de biodiversité ou les changements dans l’utilisation des terres, qui sont les véritables moteurs probables des émergences pandémiques passées et futures ».